商标既然已经提交商标局走转让程序了，公司注销了没有多大关系，可以继续进行转让。如果中途遇到补正情况可能会比较麻烦，但是一般上商标转让递交之前代理公司都会帮你审核过资料，所以转让可以继续进行。