1，手续更简便
目前加入《商标国际注册马德里协定》及其《议定书》的国家和地区已经达70多个。通过一份简单的申请书，就可以指定所有这些国家，相对于逐一国家指定、申请书式的填写大大方便。在申请方面的简便还表现在规费的支付上，申请人可以一次性以人民币向原属局的主管机关或以瑞士法郎向国际局直接支付，省去了相对于逐一国家指定时需向不同国家分别支付外币的繁琐。
2，注册马德里费用更划算
商标马德里国际注册的费用包括三部分：一基础注册费，二指定国家的费用，三本国商标主管机关的费用。国际注册申请人可以在一份申请中指定一个或多个成员国对其申请商标进行保护，无论指定一个成员国还是指定全部成员国，商标国际注册申请人均只需缴纳一份基础注册费，指定的国家越多越合算。如果以目前的瑞士法郎汇率(1瑞郎约折合6.6元人民币)计算，一标一类指定所有70多个国家所需要的费用还不到6万元人民币，平均下来每个国家还不到1000元，居然比国内注册规费还要低廉。整体费用计算下来，比通过国家渠道申请注册的费用估算要少11倍～12倍。
3，情况更明白
每一个国际注册商标可以只有一个注册证，由于国际局对于每个国际注册商标包括驳回、变更、转让、续展等在内的情况都详细登记，所以申请人可以根据自己的注册号通过国际局的官方网站(http／／wipo.int)进行查询，其商标在所有指定国家的基本情况一目了然。如果逐一国家指定，在不同的国家就有不同的注册证，每个国家注册的情况也需要分别查询，相对于马德里国际注册，显然要麻烦得多。
4，时间更节省
申请人从向商标局提交商标国际注册申请书之日起，一般6个月左右即可取得世界知识产权组织(WIPO)国际局颁发的商标国际注册证明，其上载明商标的国际注册号和国际注册日。当然，该商标国际注册证明只是表明国际局收到了国际注册申请，并经审查符合国际局的要求，已经或者即将把该申请提交给各指定国进行审查。
该商标能否在各指定国获准注册，要以各指定国的审查为准，从国际注册日起算，如果12个月内没有收到协定国或者18个月内没有收到议定书国发来的拒绝给予商标保护的驳回通知书，即表示该商标已在该协定国或议定国自动得到了保护，那些实际审查期限非常长的国家，此种规定大大缩短了申请人为得到该国的商标注册保护而需等待的时间。